Batman Ninja transporta al caballero oscuro y su archienemigo Joker en el tiempo al Japón feudal, junto a una buen grupo de aliados y enemigos del vigilante nocturno de Gotham.
Entre los personajes secundarios encontraremos a Catwoman, Harley Quinn, Hiedra Venenosa, Pingüino, Gorilla Grodd, Deathstroke, Robin, Nightwing, Alfred y Dos caras, entre otros. Por desgracia, en el doblaje en inglés no encontraremos a Kevin Conroy ni Mark Hamill, aunque sí veremos a varios nombres habituales que han participado en los videojuegos de Batman de Rocksteady o Injustice.
