A continuación te indicamos todos los tipos de misiones secundarias, que se van desbloqueando según avanzas en la historia principal.
Cordero al matadero
En esta misión tu objetivo será ir a la isla de Gotham en la que se ve una gran estatua. Una vez allí, acaba con todos los bandidos de la zona y libera al reportero que ha sido secuestrado, antes de que el sectario acabe con él cuando el reloj llegue a cero.
Finalmente debes llevar al sectario a la comisaría de Gotham para encerrarle y conseguir elTrofeo The Cult.
Arde Gotham
El villano Luciérnaga siempre ha tenido predilección por el fuego y ha decidido prender fuego a las tres estaciones de bomberos de Gotham.
Recibirás la primera parte de la misión durante el transcurso de la historia. En esa misión deberás activar el generador en la fachada para apagar el incendio que está asolando la estación de bomberos para hacer que aparezca Luciérnaga de entre las llamas.
Una vez que aparezca, deberás perseguirle por la ciudad con el Batmóvil hasta que su traje volador se quede sin gasolina y puedas pelear con él.
Esta misión secundaria se divide en tres partes y para iniciar las otras dos debes subir a un edificio lo bastante alto como para localizar una gran humareda negra proveniente de alguna de las estaciones de bomberos.
Cuando derrotes a Luciérnaga por tercera vez tendrás que llevarle a la comisaría de Gotham para encerrarle y conseguir elTrofeo Días de fuego.
Traficante
Durante el transcurso de la historia principal una de tus misiones será la de localizar un almacén de armas del Pingüino con la ayuda de un compañero de Batman.
Al comienzo de esta misión tendrás que lanzar un dispositivo rastreador en la furgoneta de los bandidos y después seguirla por los tejados de la ciudad hasta llegar al almacén en cuestión.
Una vez allí deberás acabar con todos los sicarios para poder entrar en la cámara acorazada del almacén, colocar una bomba y hacerla explotar después de cerrar la cámara.
Según pase el tiempo recibirás el aviso del avistamiento de otra de las furgonetas del Pingüino y podrás iniciar otra misión, de las cinco misiones que tiene. Cuando destruyas todos los almacenes deberás llevar al Pingüino a la comisaría para conseguir elTrofeo Contacto mortal.
Gotham ocupada
Tu objetivo será localizar alguna torre que el enemigo esté usando a modo de fortín. Debes acabar con todos los enemigos y destruir la terminal central.
Lo más seguro es que encuentres la localización de las 21 torres según completes otras misiones pero en caso de no tener esa suerte, recibirás la localización de cada una de ellas según pase el tiempo.
Cuando logres destruir todas las torres desbloquearás elTrofeo Puertas de Gotham.
Campaña por el desarme
En esta misión secundaria tu objetivo es desactivar un total de catorce bombas que están repartidas por todo Gotham. La primera aparecerá durante una misión principal en la historia.
El primer paso es intentar sobrecargar la bomba para desactivarla, pero al intentar hacerlo aparecerán algunos tanques enemigos para impedírtelo. Cuando acabes con todas las oleadas de tanques podrás desactivar la bomba.
Cuando logres desactivar todas las bombas conseguirás elTrofeo Gotham subterránea.
El crimen perfecto
Tu objetivo en esta misión es investigar seis escenas de crimen repartidas por Gotham.
En cada una de ellas encontrarás una víctima en la que tienes que buscar tres marcas identificativas, como heridas, cicatrices o implantes, para averiguar quién es la víctima. Cuando hayas resuelto todas las escenas tendrás que ir al lugar indicado para enfrentarte al asesino.
Durante el combate, lo primero será acabar con sus esbirros. Para ello debes asestarles un combo y rematarles en el suelo o se levantarán una y otra vez. Cuando ya sólo quede el asesino, acércate a él y usa el agarre que te indican en pantalla para atraparle.
Cuando le lleves a la comisaría de Gotham conseguirás elTrofeo Máquina monstruosa.
Un amigo necesitado
Durante el transcurso de la historia principal llegará un momento en el que pierdas contacto con Lucius Fox y se iniciará esta misión secundaria.
Lo único que tienes que hacer para completar esta misión es ir a la Torre Wayne para presenciar una escena. Cuando termine, conseguirás elTrofeo Doble incriminación.
Heredero de la capucha
Esta misión se divide en dos partes. En la primera debes buscar los símbolos de Batman que verás ardiendo en algunos tejados para probar las habilidades de Azrael en combate. En total tienes que encontrar cuatro símbolos de Batman y en todos ellos tendrás que acabar con un grupo de enemigos sin recibir ni un solo golpe.
En la segunda parte tendrás que ir a la base secreta de Batman en la torre del reloj para tener una escena con Azrael.
Cuando acabe la escena tendrás que tomar una decisión. No importa cuál de ellas elijas porque ambas te harán desbloquear elTrofeo El ángel de la oscuridad.
Blindados y peligrosos
Esta misión se desbloquea de forma automática durante el transcurso de la historia. Lo único que tienes que hacer es ir al lugar donde se encuentran los transportes de la milicia y acabar con ellos con el Batmóvil, por lo tanto será más fácil si mejoras su armamento en el apartado de habilidades. En total debes acabar con nueve de estos vehículos y cuando lo hagas conseguirás elTrofeo El camino a casa.
Acto de servicio
En esta misión tu objetivo será rescatar a un total de dieciséis bomberos secuestrados.
Las localizaciones las recibirás por radio aunque también puedes usar la visión de detective para localizarlas: si ves a un grupo de enemigos en un lugar fijo y con un civil en medio es uno de los bomberos que debes rescatar.
Cuando hayas rescatado al último de ellos tendrás que llevarle a la comisaría de Gotham para conseguir elTrofeo Bajas inocentes.
Las dos caras del crimen
Tu objetivo es ir a los tres principales bancos de Gotham para evitar que los roben. En cada uno de ellos tendrás que acabar con algunos esbirros y en el último tendrás que derrotar también a Dos Caras.
Cuando le hayas derrotado llévale a la comisaría de Gotham para conseguir elTrofeo El Dr. Jekyll y Mr. Hyde.
Criatura nocturna
Esta misión secundaria se inicia en la isla Miagani cuando localices a Manbat en alguno de los edificos más altos. Lo primero que debes hacer es planear hacia Manbat para hacerle caer y así poder investigar quién es.
El segundo paso es ir al laboratorio de Manbat que te indica Alfred para conseguir una muestra de ADN que sea compatible. El tercer y cuarto paso consiste en volver a planear hacia Manbat para hacerle caer a la calle y así curarle.
Cuando lleves al hombre a la comisaría de Gotham conseguirás elTrofeo La cicatriz del murciélago. 
Aduéñate de las calles
En esta misión secundaria debes acabar con todos los esbirros que ves en determinadas zonas de Gotham. La localización de estas zonas las conseguirás por la radio aunque la gran mayoría las encontrarás cerca de los puntos donde transcurren otras misiones.
Cuando completes todas las misiones secundarias conseguirás elTrofeo Calles de Gotham.
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