Los diminutos héroes van a la caza del máximo tesoro, una codiciada hiperestrella. Al comienzo de su aventura, Wingo, un pájaro gigante y avaricioso que le hace la vida muy difícil a estos asustadizos buscadores de tesoros, escapa con su única hiperestrella y de paso ¡se lleva también a Toadette! Ayuda a Capitán Toad a rescatar la hiperestrella, a reunirse con Toadette y, finalmente, derrotar a Wingo.
Captain Toad Treasure Tracker llega también a Nintendo Switch y a Nintendo 3DS tras su publicación en Wii U.
